종부세 합산배제 — 임대주택 등록 D-9, 9월 신청 전 5~6월 준비 (2026)

합산배제는 요건을 갖춘 등록 임대주택을 종합부동산세 과세표준 합산에서 빼주는 제도입니다(종합부동산세법 제8조 제2항 제1호). 신고기간은 매년 9월 16일부터 9월 30일까지입니다(국세청 「합산배제 및 과세특례 신고」). 이미 신고를 마친 임대주택이라면 소유권이나 전용면적, 임대등록 말소 같은 변동이 없는 한 올해 다시 낼 서류가 없습니다. (2026년 9월 기준)

판정의 잣대는 과세기준일인 6월 1일의 상태이고, 그 상태를 서류로 확정하는 자리가 9월 신고입니다. 사업자등록에 관해서는 9월 30일까지 열려 있는 예외가 따로 있습니다.

올해도 다시 신고해야 하나요?

변동이 없었다면 하지 않아도 됩니다. 국세청은 「합산배제 및 과세특례 신고」 안내에서 “최초의 합산배제 신고를 한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 임대주택의 소유권 또는 전용면적, 임대등록 말소 등 변동이 없는 경우에는 별도의 신고 없이 계속 적용됨”이라고 밝히고 있습니다. 매년 같은 서류를 다시 내야 안전하다는 통념과는 다른 안내입니다.

판단은 지난해 신고한 내용과 지금 상태를 나란히 놓는 것으로 끝납니다. 다음 네 가지 중 하나라도 걸리면 올해 낼 서류가 있습니다.

1. 지난 신고 이후 임대주택의 소유권이 바뀐 경우, 매도와 지분 변동을 포함합니다
2. 신고한 전용면적과 현재 전용면적이 달라진 경우
3. 임대등록이 말소된 경우
4. 올해 새로 요건을 갖춘 임대주택이 생겨 처음 신고하는 경우

넷 중 어디에도 해당하지 않는다면 지난해 신고 내용이 그대로 이어집니다. 이 경우 9월에 아무것도 내지 않는 것이 정상입니다.

합산배제 신고, 9월 16일부터 30일까지 무엇을 내나요?

임대주택의 보유현황을 관할세무서장에게 신고합니다. 종합부동산세법 제8조 제3항은 “제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 … 관할세무서장에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다”고 정하고 있습니다. 서식은 임대주택의 성격에 따라 갈립니다. 공공임대주택은 시행규칙 별지 제1호 서식, 민간임대주택은 별지 제2호 「임대주택 합산배제 (변동)신고서」입니다(국세청).

신고가 받아들여지면 그 주택은 “주택분 종합부동산세 과세표준에 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함하지 않음(비과세)” 상태가 됩니다(국세청). 세액을 깎아주는 공제와는 작동 지점이 다릅니다. 과세표준을 만들 때부터 그 주택이 빠지므로, 남은 주택만으로 공제액과 세율 구간이 결정됩니다. 참고로 종합부동산세법 제8조 제1항의 공제액은 1세대 1주택자 12억원, 그 밖의 납세의무자 9억원입니다.

같은 열흘 동안 성격이 다른 신청이 하나 더 열립니다. 일시적 2주택과 상속주택, 지방 저가주택을 1세대 1주택자 판정에서 빼달라는 종부세 주택 수 산정 제외 신청은 근거 조항도 서식도 다른 별개의 신고입니다.

내 임대주택이 요건에 맞는지 어떻게 보나요?

먼저 유형을 찾고, 그 줄에 적힌 조건을 하나씩 맞춰 보면 됩니다. 국세청은 합산배제 임대주택을 아홉 가지 유형으로 나누고 유형마다 전용면적과 주택 수, 공시가격, 임대기간, 임대료 증액 제한을 다르게 두고 있습니다.

유형	전용면적	주택 수	공시가격	임대기간	임대료
① 공공건설·구 민간건설(‘18.3.31. 이전 등록)	149㎡ 이하	시도별 2호 이상	9억원 이하	5년 이상	증가율 5% 이하, 1년 내 재증액 금지
② 공공매입·구 민간매입(‘18.3.31. 이전 등록)	요건 없음	전국 1호 이상	6억원 이하(수도권 밖 3억원)	5년 이상	증가율 5% 이하, 1년 내 재증액 금지
③ 기존임대(‘05.1.5. 이전)	85㎡ 이하(수도권 제외 도시지역 외 읍·면 100㎡)	전국 2호 이상	3억원 이하	5년 이상	요건 없음
④ 민간건설 미임대주택	149㎡ 이하	요건 없음	9억원 이하	요건 없음	요건 없음
⑤ 민간건설 장기일반·공공지원	149㎡ 이하	시도별 2호 이상	9억원 이하	10년 이상	증가율 5% 이하
⑥ 민간매입 장기일반·공공지원	요건 없음	전국 1호 이상	6억원 이하(수도권 밖 3억원)	10년 이상	증가율 5% 이하
⑦ 분양전환공공임대 중 미분양	요건 없음	요건 없음	요건 없음	의무기간 만료 후 2년 이내	요건 없음
⑧ 민간건설 단기(‘25.6.4. 이후 등록)	149㎡ 이하	시도별 2호 이상	6억원 이하	6년 이상	증가율 5% 이하
⑨ 민간매입 단기(‘25.6.4. 이후 등록)	요건 없음	전국 1호 이상	4억원 이하(수도권 밖 2억원)	6년 이상	증가율 5% 이하

표가 갈리는 지점은 두 곳입니다. 건설임대에는 전용면적 149㎡라는 상한이 붙지만 매입임대에는 면적 요건이 아예 없고, 대신 공시가격 문턱이 낮게 걸립니다. 임대기간도 하나로 통일돼 있지 않아 옛 유형은 5년, 장기일반과 공공지원은 10년, 2025년 6월 4일 이후 등록한 단기는 6년입니다. 흔히 인용되는 전용 85㎡라는 숫자는 2005년 1월 5일 이전에 등록한 기존임대주택 줄에만 남아 있습니다.

유형에 들어맞더라도 취득 시점이나 등록 시점 때문에 빠지는 경우가 있습니다. 개인은 1세대가 1주택 이상을 보유한 상태에서 2018년 9월 14일 이후 새로 취득한 조정대상지역 소재 장기일반민간임대주택과 단기민간임대주택이 제외되고, 법인은 2020년 6월 18일 이후 등록신청한 조정대상지역 내 주택이 제외됩니다. 2020년 7월 11일 이후 등록신청한 장기일반민간임대주택 중 아파트를 매입해 임대하는 경우도 제외 대상입니다(국세청).

2025년 6월 4일 이후 등록한 단기임대도 대상입니다

“단기임대는 폐지됐다”는 말이 상식처럼 굳어 있지만, 국세청의 합산배제 임대주택 목록에는 단기민간임대주택이 두 유형 들어 있습니다. 2025년 6월 4일 이후 등록한 민간건설 단기와 민간매입 단기입니다.

두 유형의 임대기간 요건은 6년입니다. 장기일반의 10년보다 짧고 옛 유형의 5년보다는 깁니다. 대신 가격 문턱이 눈에 띄게 낮게 걸립니다. 민간건설 단기는 공시가격 6억원 이하로 같은 건설 계열인 장기일반(9억원 이하)보다 3억원 낮고, 민간매입 단기는 4억원 이하(수도권 밖 2억원 이하)로 장기일반 매입임대(6억원 이하, 수도권 밖 3억원)보다 낮습니다. 임대료 증가율 5% 이하 제한은 장기 유형과 동일합니다.

가르는 기준은 등록일 하나입니다. 2025년 6월 4일 앞뒤로 취급이 달라지므로, 등록증에 적힌 등록일을 먼저 확인한 다음 앞 표의 ⑧ 또는 ⑨ 줄과 맞춰 보는 순서가 안전합니다.

6월 1일을 놓쳤다면 9월 30일까지 길이 남아 있습니다

사업자등록에 한해서는 여지가 있습니다. 국세청은 “합산배제 신고기간 종료일(9.30.)까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 봄”이라고 안내합니다. 6월 1일에 사업자등록이 되어 있지 않았더라도 9월 30일까지 마치면 그해 과세기준일에 등록돼 있던 것으로 본다는 뜻입니다.

다만 이 간주 규정이 메워 주는 것은 사업자등록 한 칸뿐입니다. 지방자치단체 임대사업자 등록과 실제 임대 개시, 앞 표의 임대기간과 임대료 증액 제한 같은 나머지 요건은 별개로 갖춰야 하며 이 규정으로 대체되지 않습니다. 과세기준일이 6월 1일이라는 원칙도 그대로여서, 그날 주택을 보유하지 않았다면 애초에 올해 납세의무자가 아닙니다. 기준일이 왜 이렇게 작동하는지는 종합부동산세 6월 1일 과세기준일 글에서 다뤘습니다.

신규 등록을 검토 중이라면 앞 표의 유형별 의무기간이 어디에서 갈리는지를 먼저 보는 편이 낫습니다. 등록 시점부터 그 기간만큼 의무가 따라붙기 때문입니다.

신고 후 12월까지 무슨 일이 일어나나요?

9월에 신고를 내고 나면 남은 일정은 법에 날짜로 박혀 있습니다. 종합부동산세법(시행 2026년 1월 1일)이 정한 순서는 다음과 같습니다.

단계	근거 조문	법이 정한 시점
합산배제 보유현황 신고	종합부동산세법 제8조 제3항	9월 16일부터 9월 30일까지
납부고지서 발급	같은 법 제16조 제2항	납부기간 개시 5일 전까지
종합부동산세 부과·징수(납부기간)	같은 법 제16조 제1항	12월 1일부터 12월 15일까지
경감세액과 이자상당가산액 추징	같은 법 제17조 제5항	합산배제 요건을 충족하지 않게 된 때

표에서 눈여겨볼 것은 고지서 발급일이 독립된 날짜가 아니라 납부기간에서 역산된다는 점입니다. 납부기간 개시일이 12월 1일이므로 고지서는 그보다 최소 5일 앞서 발급됩니다. 마지막 줄은 신고로 절차가 끝나지 않는다는 뜻이기도 합니다. 합산배제는 신고 시점의 상태를 인정받는 것이고, 이후 요건이 깨지면 그때 경감받았던 몫이 되돌아옵니다. 12월 납부기간의 자금 계획은 종부세 11~12월 납부 일정과 분납 기준에서 따로 다뤘습니다.

자격이 날아가는 흔한 경우

요건이 깨지면 이미 받은 몫까지 되돌아옵니다. 종합부동산세법 제17조 제5항은 합산배제를 적용받은 주택이 이후 요건을 충족하지 않게 된 경우 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징하도록 정하고 있습니다.

• 임대료 증액 제한 위반: 증가율 5%를 넘겨 올린 경우, 그리고 ①·② 유형처럼 증액 후 1년 안에 다시 올린 경우
• 임대의무기간 미충족: 앞 표의 유형별 의무기간을 채우기 전에 중간 매도나 자가 사용 전환으로 기간이 끊긴 경우
• 가격·면적 요건 이탈: 공시가격이나 전용면적이 해당 유형의 한도를 벗어난 경우
• 제외 규정에 걸리는 취득·등록: 조정대상지역 취득 시점이나 아파트 매입임대 등록 시점이 제외 기준에 해당하는 경우
• 변동 사실 미신고: 소유권·전용면적·임대등록 말소가 달라졌는데 변동신고서를 내지 않은 경우

실무에서 가장 자주 걸리는 곳은 임대료입니다. 갱신 협상에서 증가율 5%를 넘기는 순간 위 조항의 적용 대상이 됩니다. 임대사업자에게 붙는 의무와 세제 혜택을 함께 견줘 보려면 주택임대사업자 의무사항과 세제혜택 쪽이 참고가 됩니다.

신고 전 마지막 확인

지금 손에 쥐어야 할 서류는 임대사업자 등록증과 지난해 신고 내역 두 가지입니다. 등록증에서 등록일과 유형을 확인해 앞의 유형 표에서 자기 줄을 찾고, 그 줄의 공시가격과 임대기간, 임대료 조건을 현재 상태와 맞춰 보면 이번에 낼 서류가 최초 신고인지 변동신고인지, 아니면 아무것도 없는지가 갈립니다. 지난해와 달라진 것이 없어 낼 서류가 없다는 답도 정상적인 결과입니다.

유형 판정이 애매하거나 조정대상지역 취득·등록 시점 제외 규정에 걸릴 소지가 있다면, 신고 전에 국세청 「합산배제 및 과세특례 신고」 안내와 관할세무서에 사실관계를 확인하는 편이 안전합니다. 본 글의 요건·기한·서식은 종합부동산세법과 국세청 운영 안내에 따라 달라질 수 있습니다. 정보 제공 목적의 글이며 세무 자문이 아니므로, 보유 구조가 복잡하면 세무대리인 상담을 권합니다.