ISA ETF 추천 전에 9.9% 분리과세가 붙는 유형부터 가른다

ISA에서 ETF 절세가 생기는 자리는 국내 상장 해외지수형과 채권형, 원자재형입니다. 국내주식형 ETF를 팔아 얻는 차익은 소득세법 시행령 제26조의2 제5항 제2호가 집합투자기구로부터의 이익에서 빼 두어 배당소득이 아니고, 그래서 ISA가 깎아 줄 소득 자체가 만들어지지 않습니다. (2026년 10월 기준, 법제처 국가법령정보센터에서 2026년 10월 16일 확인한 조문)

그래서 ISA ETF를 찾는 검색에서 먼저 풀어야 할 질문은 어떤 상품을 담느냐가 아니라, 내가 담으려는 ETF의 손익이 세법에서 배당소득으로 분류되는지입니다. 아래 내용은 상장 ETF를 직접 매매할 수 있는 중개형 ISA를 전제로 하고, 개별 종목이나 상품을 거론하지 않습니다.

ISA에 ETF를 담으면 어떤 세금이 줄어드나요?

줄어드는 세금은 이자소득세와 배당소득세, 이 둘뿐입니다.

조세특례제한법 제91조의18 제1항은 ISA에서 발생한 이자소득과 배당소득을 비과세 한도까지 과세하지 않고, 한도를 넘는 금액에는 100분의 9를 적용하면서 종합소득과세표준에는 합산하지 않는다고 정합니다. 조문에 적힌 숫자는 9퍼센트이고, 지방세법 제103조의13 제1항이 그 소득세의 100분의 10을 개인지방소득세로 특별징수하므로 합쳐서 9.9퍼센트가 됩니다. 시중 설명이 쓰는 9.9퍼센트라는 숫자는 이 둘을 합산한 값입니다.

비교 대상인 일반계좌의 세율도 같은 방식으로 만들어집니다. 소득세법 제129조 제1항 제2호 나목이 그 밖의 배당소득에 100분의 14를 원천징수하도록 하고, 여기에 지방소득세가 더해져 15.4퍼센트가 됩니다. ISA가 만드는 차이는 비과세 한도까지 0, 그 위로는 15.4퍼센트 대신 9.9퍼센트라는 두 단계입니다.

비과세 한도는 제91조의18 제2항에 400만원과 200만원 두 줄로 적혀 있습니다. 400만원은 직전 과세기간 총급여액 5천만원 이하, 종합소득금액 3천800만원 이하, 대통령령으로 정하는 농어민에게 적용되고, 그 밖의 가입자는 200만원입니다. 조문에는 일반형이나 서민형이라는 표현이 없습니다.

ETF 유형별로 과세가 갈리는 지점은 어디인가요?

투자자가 ETF를 팔아 얻는 차익은 소득세법 시행령 제26조의2 제5항이 가릅니다.

이 조문은 두 층으로 나뉘어 있습니다. 제4항은 “집합투자기구가” 취득한 증권과 장내파생상품, 즉 펀드가 내부에 담은 자산의 거래나 평가로 생긴 손익을 다루고, 제5항은 투자자가 집합투자증권을 계좌간 이체나 계좌 명의변경, 실물양도의 방법으로 거래해 얻은 이익을 다룹니다. 내가 산 ETF를 팔았을 때 세금이 붙는지는 아래층이 아니라 제5항에서 결정됩니다.

제5항 본문은 집합투자증권을 그렇게 거래해 발생한 이익을 집합투자기구로부터의 이익, 그러니까 배당소득으로 봅니다. 그리고 각 호로 예외를 둡니다. 제2호가 “상장지수집합투자기구로서 증권시장에서 거래되는 주식의 가격만을 기반으로 하는 지수의 변화를 그대로 추적하는 것을 목적으로 하는 집합투자기구의 집합투자증권”입니다. 국내주식형 ETF의 매매차익이 과세되지 않는 유일한 근거가 이 한 호이고, 여기에 붙은 괄호 하나가 결과를 뒤집는 경우는 뒤에서 따로 봅니다. 국내 상장 해외지수형이나 채권형, 원자재형은 주식 가격만을 기반으로 한 지수를 추적하지 않아 이 예외에 들지 못하므로, 제5항 본문으로 돌아가 배당소득이 됩니다.

펀드 내부 단계인 제4항도 읽어 둘 값은 있습니다. 제4항은 제2호 가목인 “증권시장에 상장된 증권”의 손익을 이익에서 빼면서, 가목 괄호에서 1) 채권등 2) 외국 집합투자기구의 주식 또는 수익증권 3) 시장을 대표하는 종목으로 산출된 지수를 추적하는 상장지수집합투자기구의 주식 또는 수익증권 4) 같은 지수를 추적하는 상장지수증권을 다시 과세 쪽에 둡니다. 제2호 다목은 장내파생상품을 “가목의 증권을 대상으로 하는” 것으로 적습니다. 이 네 가지는 펀드가 무엇을 담고 굴렸는지에 관한 이야기여서 과세표준 계산에 반영되는 쪽이고, 내가 보유한 ETF 자체의 분류를 정하는 조항은 아닙니다. 두 층을 섞어 읽으면 코스피200을 따라가는 ETF가 과세 대상이라는 결론이 나오는데, 제4항 본문이 “집합투자기구가” 취득한 자산으로 적용 범위를 못 박고 있어 그렇게 읽히지 않습니다.

가르는 기준은 운용사도 지수도 아니라, 그 ETF의 손익이 세법상 배당소득에 들어가는지 하나입니다.

ETF 유형	매매차익의 세법상 성격	일반계좌	ISA 계좌	ISA 손익통산	근거 조문
국내주식형 (분배 유보형은 아래 예외)	집합투자기구로부터의 이익에 불포함 (배당소득 아님)	매매차익에 과세 없음	비과세 한도를 쓰지 않음	불가, 손실도 차감 대상에서 제외	소득세법 시행령 제26조의2 제5항 제2호
국내 상장 해외지수형	배당소득	15.4% 원천징수	한도까지 0, 초과분 9.9%	가능	제5항 본문 (각 호의 예외에 해당하지 않음), 조특법 제91조의18 제1항
채권형	배당소득	15.4% 원천징수	한도까지 0, 초과분 9.9%	가능	제5항 본문, 펀드 내부 채권 손익은 제4항 제2호 가목 1)
원자재·통화 등 파생형	배당소득	15.4% 원천징수	한도까지 0, 초과분 9.9%	가능	제5항 본문, 펀드 내부 파생상품 조항인 제4항 제2호 다목은 증권 대상으로 한정
해외 증권거래소 상장 ETF	해당 없음, ISA 편입 불가	일반계좌에서만 거래	운용 대상에서 제외	해당 없음	조특법 제91조의18 제3항 제3호 나목·마목
국내 상장 ETF의 분배금 (유형 무관)	배당소득	15.4% 원천징수	한도까지 0, 초과분 9.9%	가능	조특법 제91조의18 제1항·제2항

표에서 국내주식형 줄만 성격이 다릅니다. ISA가 가진 세 가지 장치인 비과세 한도, 9.9퍼센트 분리과세, 손익통산 가운데 어느 하나도 이 줄의 매매차익에는 걸리지 않습니다. 편입 자체가 막힌 해외 상장 ETF 줄을 빼면 나머지는 전부 배당소득이라는 한 칸을 공유하기 때문에 세 장치가 그대로 작동하고, 같은 배당소득이라도 ISA 밖에서 어떻게 과세되는지는 고배당 상장기업 배당소득의 분리과세 구조와 함께 보면 비교가 분명해집니다.

국내주식형 ETF를 ISA에 담으면 생기는 일

분배금을 지급하는 국내주식형이라면 ISA에 넣든 일반계좌에 두든 매매차익에 붙는 세금은 같습니다.

국내주식형 ETF의 매매차익은 ISA 안에서도 비과세 한도를 쓰지 않고, 동시에 한도를 줄이지도 않습니다. 과세 대상 소득이 아니니 한도 계산에 아예 들어오지 않는 것입니다.

여기서 생기는 것이 한도의 기회비용입니다. 제91조의18 제3항 제5호는 총납입한도를 1억원으로 두고, 연간 납입한도를 2천만원 곱하기 (1 더하기 가입 후 경과한 연수, 4년 이상이면 4년)에서 누적납입금액을 뺀 금액으로 계산하도록 정합니다. 한도는 사람마다 유한한 자원인데, 국내주식형 ETF는 일반계좌에 두어도 매매차익에 세금이 붙지 않습니다. 같은 1천만원을 국내주식형에 쓰면 분배금 몫의 혜택만 얻고, 해외지수형이나 채권형에 쓰면 매매차익과 분배금 모두에 혜택이 붙습니다. 분배금이 큰 상품이라면 국내주식형을 담는 선택도 설명이 되지만, 그 판단 근거는 분배금 규모이지 ISA라는 계좌 이름이 아닙니다.

같은 국내주식형이라도 결과가 뒤집히는 구조가 하나 있습니다. 제26조의2 제5항 제2호는 괄호를 달아 “제1항제2호라목에 따라 이자수입 또는 배당이익의 분배를 유보한 집합투자기구”를 그 예외에서 다시 빼 둡니다. 지수를 그대로 따라가려고 배당이익을 구성종목 비중대로 재투자하는 상품이 여기에 해당합니다. 그런 상품은 매매차익이 다시 배당소득이 되므로 ISA의 비과세 한도와 9.9퍼센트가 작동합니다. 분배금이 없으니 ISA에 넣을 이유도 없다는 설명과는 반대 방향의 결론입니다.

국내 투자 비중에 따라 세제를 달리 설계하자는 논의는 생산적금융 ISA로 불리는 개편안에서 따로 다뤘고, 2026년 10월 16일 기준 현행 제91조의18에는 그런 구분이 들어와 있지 않습니다.

국내주식형 ETF에서 손실이 나면 ISA가 막아 주나요?

막아 주지 않습니다. 조문이 그 손실을 차감 대상에서 빼 두었습니다.

조세특례제한법 시행령 제93조의4 제9항은 차감할 손실을 “투자대상자산에서 발생한 손실”로 정하면서, 단서 각 호로 세 가지를 빼 둡니다. 제1호가 소득세법 제17조에 따른 배당소득에 포함되지 않는 손실, 제2호가 소득세법 시행령 제26조의2 제4항에 따라 집합투자기구로부터의 이익에 포함되지 않는 손실, 제3호가 같은 영 제26조의3 제3항에 따른 상장지수증권 관련 손실입니다. 투자자가 국내주식형 ETF를 팔아 입은 손실은 제5항 제2호 때문에 애초에 배당소득이 아니므로 제1호에 걸리고, 펀드 내부에서 생긴 손실은 제2호가 받습니다. 이익 쪽에서 빠진 항목이 손실 쪽에서도 같이 빠지는 구조라, 국내주식형 ETF에서 난 매매손실은 ISA 안에 있어도 다른 ETF의 이익을 깎아 주지 못합니다. ISA에 넣으면 모든 손익이 상계된다는 설명이 자주 보이는데, 조문은 거기에 단서 세 줄을 두고 있습니다.

같은 국내주식인데도 보유 형태에 따라 결과가 갈린다는 점이 이 규정의 특징입니다. 제9항 본문은 차감 대상에 “재정경제부령으로 정하는 주식에서 발생한 양도차손”을 포함한다고 적고, 조세특례제한법 시행규칙 제42조의3 제1항은 그 주식을 자본시장법 제9조 제15항 제3호에 따른 주권상장법인의 주식(대주주 보유분 제외) 등으로 정합니다. ISA에서 국내 상장주식을 직접 보유하다 생긴 양도차손은 통산 대상에 들어가지만, 같은 주식을 ETF 수익증권으로 담아 손실이 나면 들어가지 않습니다.

차감에도 순서가 있습니다. 같은 영 제10항은 같은 종류 자산에서 난 손실을 먼저 차감하고, 남은 손실을 배당소득에서, 그래도 남으면 이자소득에서 차감하도록 정합니다. 제11항은 그렇게 차감한 금액에서 보수와 수수료 등을 뺀 금액을 이자소득등 합계액으로 봅니다. 그리고 법 제91조의18 제5항이 이 합계액을 계약 해지일 기준으로 계산하라고 하므로, 통산 결과는 중간에 확정되지 않고 해지 시점에 한 번에 정해집니다.

일반계좌와 ISA, 세액이 실제로 얼마나 갈리나

같은 손익을 가정해도 ISA가 줄여 주는 세금은 유형에 따라 여섯 배 넘게 벌어집니다.

유형별 설명을 금액으로 바꿔 보면 차이의 크기가 드러납니다. 아래는 조문의 세율과 한도를 그대로 넣어 계산한 예시입니다.

계산 가정: 비과세 한도 200만원 적용, 3년을 채우고 해지, 보수와 수수료는 제외. 아래 손익 금액은 계산 과정을 보여 주기 위한 가정값이며 수익률 전망이 아닙니다.

예시	가정한 손익	일반계좌 세액	ISA 세액	차이
A. 국내주식형 ETF	매매차익 500만원, 분배금 50만원	77,000원 (분배금 50만원×15.4%)	0원 (분배금이 한도 내)	77,000원
B. 국내 상장 해외지수 ETF	매매차익 500만원, 분배금 50만원	847,000원 (550만원×15.4%)	346,500원 (한도를 뺀 350만원의 9.9%)	500,500원

두 예시의 가정 손익은 글자 그대로 똑같습니다. A에서 일반계좌 세액이 77,000원에 그치는 이유는 ISA가 유리해서가 아니라, 일반계좌에서도 매매차익 500만원에 세금이 붙지 않기 때문입니다. 계좌를 바꿔서 줄일 수 있는 세금의 크기가 처음부터 달랐던 셈입니다.

손익통산까지 넣으면 차이가 한 번 더 갈립니다. 해외지수 ETF에서 이익 500만원이 나고 채권형에서 손실 200만원이 난 경우, 두 손익이 통산되어 과세 대상은 300만원이 되고 한도 200만원을 뺀 100만원에 9.9퍼센트가 적용되어 99,000원입니다. 같은 크기의 손실 200만원이 국내주식형 ETF에서 났다면 차감되지 않으므로 과세 대상은 500만원 그대로이고, 한도를 뺀 300만원에 9.9퍼센트가 붙어 297,000원이 됩니다. 손실 금액이 같은데 세액은 198,000원 벌어집니다. 손실을 어디에서 냈는지가 세액을 가르는 변수가 되는 자리입니다.

실제 금액은 이 계산과 달라질 수 있습니다. 조세특례제한법 시행령 제93조의4 제11항이 보수와 수수료 등을 뺀 뒤의 금액을 이자소득등 합계액으로 보고, 소득세법 시행령 제26조의2 제9항은 집합투자기구로부터의 이익에 대한 과세표준 계산방식을 재정경제부령에 맡겨 두었습니다. 과세 대상 금액이 과세표준기준가격을 기준으로 산정되는 만큼 내가 체감한 매매차익과 어긋날 수 있다는 뜻입니다. 또한 위 세액은 3년을 채우고 해지했을 때의 이야기이고, 3년이 되는 날 전에 납입액 합계를 넘겨 인출하면 그 날이 해지일로 간주된다는 점은 원금을 넘겨 인출한 날이 해지일이 되는 구조에서 다뤘습니다.

ISA 운용 대상에서 빠져 있는 해외 상장 ETF

미국 증권거래소에 상장된 ETF는 ISA에 담을 수 없습니다. 운용할 수 있는 재산 목록에서 빠져 있습니다.

조세특례제한법 제91조의18 제3항 제3호 나목은 ISA가 운용할 수 있는 재산을 정하면서 자본시장법 제279조 제1항에 따른 외국 집합투자증권을 명시적으로 제외합니다. 같은 호 마목은 주식을 소득세법 제88조 제3호에 따른 주권상장법인의 주식으로 한정합니다. 미국 증권거래소에 상장된 ETF는 두 문턱을 모두 넘지 못합니다.

이 때문에 해외 ETF는 ISA에서 안 된다는 말은 절반만 맞습니다. 막히는 것은 해외 시장에 상장된 상품이고, 국내 증권시장에 상장되어 해외 지수를 따라가는 ETF는 편입할 수 있으며 과세 측면에서는 오히려 ISA 혜택이 가장 크게 붙는 쪽입니다. 같은 지수를 추종하더라도 어느 시장에 상장되어 있는지가 편입 가능 여부를 가릅니다.

담기 전에 짚어야 할 네 가지

상품을 고르기 전에 가입 자격과 한도, 과세 구분이라는 네 개의 값이 먼저 정해져야 합니다.

• 직전 3개 과세기간 중 금융소득이 2천만원을 넘긴 해가 있는지. 조세특례제한법 제129조의2 제1항은 가입일이나 연장일이 속한 과세기간의 직전 3개 과세기간 중 1회 이상 금융소득 합계액이 종합과세기준금액을 초과한 자에게 과세특례를 적용하지 않습니다. 기준금액 2천만원은 소득세법 제14조 제3항 제6호에 있고, 그 선을 넘었을 때 벌어지는 일은 금융소득 2천만원 선에서 갈리는 종합과세와 분리과세에서 확인할 수 있습니다.
• 내 비과세 한도가 어느 쪽인지. 앞서 본 제91조의18 제2항 요건에 들지 않으면 200만원이고, 위 계산 예시도 그 기준으로 잡았습니다.
• 담으려는 ETF가 어느 과세 구분에 속하는지. 유형 이름이 아니라 투자설명서와 증권사 화면의 과세 구분 표기로 확인해야 하며, 같은 자산군 안에서도 분배 방식과 추적 지수에 따라 달라질 수 있습니다.
• 현행 한도가 얼마인지. 제3항 제5호가 정한 총납입한도와 연간 계산식이 기준입니다. 연 4천만원이나 비과세 500만원 같은 숫자는 2026년 10월 16일 확인 시점의 시행 조문에서 확인되지 않으며, 논의 내용은 ISA 한도 확대안에서 따로 다뤘습니다.

네 항목 가운데 첫 번째는 가입 가능 여부를, 나머지 셋은 혜택의 크기를 정합니다. 확인은 두 갈래로 끝납니다. 가입 자격과 한도는 법제처 국가법령정보센터에서 제91조의18과 제129조의2 조문을 직접 열어 보고, 직전 3개 과세기간의 금융소득 규모는 금융소득 원천징수영수증이나 홈택스 지급명세서로 되짚어 보면 됩니다. 계약기간 3년(제3항 제4호)을 채울 수 있는 자금인지까지 맞춰 본 뒤에야 유형 선택이 의미를 갖습니다.

세법과 시행령은 개정될 수 있고, 이 글은 2026년 10월 16일 시점의 조문을 기준으로 합니다. 본 글은 정보 제공 목적이며 특정 상품의 가입이나 매매를 권유하지 않습니다.